近幾年雞腿菇栽培過程中普遍發生一種具有較強競爭能力的雜菌，因其子實體形似雞爪，常被稱為“雞爪菌”。該菌常發生于雞腿菇出菇階段的中后期，輕者減產，重者二、三潮菇絕收。以下是在實踐中總結出來的防治“雞爪菌”的幾項措施，
　　一、培養料的處理。培養料在發酵前各種成分都要打碎、磨細，曬3－4天，尤其是有的配方中加入畜禽糞類，若不經過充分日曬是不能使用的。建堆時首先把所需各種成分混合均勻，加水把含水量調至65－70％。建堆時堆寬12-15米，高 0.8－1.0米，自然成梯形縱向延長。在堆的腰部隔30－40厘米，用直徑3－4厘米的木棍平行打兩排洞。當料中心溫度上升到60－65℃以上開始計時，24小時后翻堆，復堆后當料中心溫度重新上升到60－65℃以上時，再經過24小時發酵結束，隨后應重新調整培養料含水量60－65％。
　　ph 7.5～8。
　　二、栽培場地要施行輪作。雞腿菇收獲完畢徹底清理床面，有條件的可施行一年以上輪作以減輕病蟲危害。利用日光溫室栽培雞腿菇時，夏茬可種一茬玉米或大豆。如果春茬種植雞腿菇后，緊連著種植秋茬，往往會引起雞爪菌的大發生。
　　三、覆土處理要嚴格。雞腿菇不覆土不出菇。覆士要選擇遠離栽培場地從未種過雞腿菇地塊的土壤，最好是20厘米以下的深層土。覆土要過篩加入1％石灰粉，每百公斤上噴施1000倍甲醛溶液5－1o公斤起堆，用塑膜壓嚴悶24小時即可施用。
　　四、及時防治。“雞爪菌”一旦在床面發生，要及時連帶下面的培養基一塊清除掉，放入塑料袋中帶出棚外深埋。發生“雞爪菌”的四周撒施生石灰粉。藥劑防治可用50％多菌靈700－800倍液或75％百菌清500－700倍液噴霧。