一、雞爪菌即叉狀炭角菌，是近年來危害嚴重的一種寄生性病原真菌，主要發生在雞腿菇的子實體生長階段，其子實體酷似雞爪，俗稱為“雞爪菌”。雞腿菇菌絲生長時，受土壤中霉菌菌絲侵擾，二者結合扭結發生變態，長成雞爪菇。發生時呈暗褐色、尖細、基部相連，其菌絲與雞腿菇爭奪養分并抑制雞腿菇菌絲生長，造成雞腿菇嚴重減產，甚至絕產。雞爪菌多在秋末夏初及二潮菇后大量發生，陰暗、溫度高、濕度大、通風不良、菌床水分多時易誘發此病。病源為培養基或覆土中攜帶病原菌。無公害防治：①使用優質的純菌種；②所用原材料必須新鮮、干燥、無霉變；③在培養料中加入0.1％～0.2％的50％多菌靈或克霉王等，抑制雜菌生長；④堆積發酵要徹底，最好進行熟料栽培；⑤選用覆土要慎重，必要時進行消毒處理；⑥在氣溫偏高的季節栽培時，最好不脫袋覆土出菇，避免相互傳染；⑦管理上注意降溫、降濕、加大通風、避免菇棚內積水；⑧春末夏初或夏秋高溫季節栽培時發病率高。一般選在9～10月份種植為好。⑨一旦發現雞爪菌要及時挖除，防止孢子成熟和擴散，并對染病處用無公害的藥物處理。
　　二、腐爛病是由細菌引起的常見病害，危害較重。染病子實體初為褐色，后菌蓋變黑腐爛，最終只殘留菌柄。高溫高濕、通風不良時易誘發此病，夏季反季節栽培時發病率高。無公害防治：投料前用石灰水、燒堿等對菇棚進行消毒；空氣濕度及覆土含水量要稍低；發病初期可用農用鏈霉素（濃度100－200毫克／1000毫升）防治；及時拔除病菇，以防傳染。
　　三、褐斑病染病初期，子實體菌柄和菌蓋上出現褐色斑塊，逐漸擴大，最終使整個菇體變褐。覆土層和環境的濕度過大及出菇期間噴水不當易誘發此病，夏季反季節栽培時易發生。無公害防治：出菇期覆土含水量不宜過高，以土壤不粘手、表層土露白為宜；出菇期盡量避免向幼菇上噴水，環境濕度大時，應加強通風降濕。