在食用菌的生產中如果不注意采取必要的預防措施，一些雜菌和害蟲會大量發生，對食用菌的生長造成很大危害。要堅持以防為主，防重于治的原則。其發生原因主要有以下幾方面：
    　1、培養基營養豐富，既適于食用菌生長發育，也適于各種微生物的生長繁殖，只要有其他微生物存在，它們就會快速生長繁殖，造成危害。
    　2、原料在貯藏運輸過程中受潮后，容易感染微生物，在使用時，無論是熱力滅菌還是巴氏滅菌，孢子或蟲卵都可能消除不干凈，培養食用菌時，它們會萌生，造成危害。
    　3、食用菌的栽培環境不清潔，或雜草叢生，或堆積雜物，或堆積廢棄的培養料，為滋生雜菌創造了條件；菇房靠近牛欄、雞舍，老菇房消毒不徹底，環境過于陰暗潮濕，通風不良，會藏匿害蟲，滋生雜菌，在栽培食用菌之后，侵染培養料或子實體、菌絲體。
    　4、培養料營養成分配比不恰當，輔料過多，含水量過大，酸堿度不適，出菇期水分管理不當，菇房悶熱，潮濕過度，光照不足，子實體采收不及時，也會為病蟲害的發生提供條件。
    　在整個食用菌的栽培期病蟲害都可能發生，使人防不勝防。另外，雜菌和害蟲與食用菌菌絲在培養基內雜生共處，很難分別采取措施處理，若不慎，還可能導致兩敗俱傷。因此殺蟲和滅菌是最重要的防止手段。其防治對策如下：
    　1、菌種廠的場地選擇與建設要合理。菌種廠應遠離房舍、飼養場、倉庫。裝料間、滅菌室、無菌室和培養室的建筑設計要合理，使裝好料的瓶、袋能直接進入無菌室，接好種的菌種瓶能直接進入培養室，減少轉運的時間，減少轉運時的污染機會。
   　 2、注意接種室、培養室的滅菌消毒。接種室、培養室的設備應簡單整潔，室內應經常打掃，清除雜物。并定期進行甲醛熏蒸消毒。有污染的培養物應立即處理，不可亂放亂丟，污染重的菌種或培養料袋要采取深埋處理。避免重復污染。
   　 3、注意栽培室，栽培場的衛生。菇房、菇場應遠離倉庫、飼養場、垃圾場。菇房的門窗、通風口要裝紗網，防止飛蟲出入。使用前應熏蒸消毒或噴灑藥物進行表面消毒、殺蟲。廢料及出菇后的殘料不要堆放在菇房附近。要清除菇場及其附近的枯枝爛葉、雜草及亂石堆。
   　4、培養料滅菌殺蟲要完全徹底。嚴格按要求對菌種培養基和栽培料進行滅菌處理，高溫滅菌要做到壓力到、溫度到、時間到，不能隨意改變滅菌條件。栽培料的發酵處理有殺菌、殺蟲的作用，應注意控制堆溫和翻堆，保證所有的堆料都經過發酵過程。培養原料用前應曝曬，覆土用前要經消毒處理。
      5、嚴格菌種檢查，避免污染由菌種傳播。
   　6、及時清除殘菇，保持料面潔凈。采摘子實體后應徹底清理床面，將菇根、爛菇、染害菇蕾除掉，必要時對床面進行消毒處理。
   　7、創造環境條件抑制病蟲和雜菌的發生。利用雜菌、病蟲害的發生條件和食用菌的生長發育條件范圍的差距，利用或調節溫度、濕度、水分、光線、酸堿度、營養、空氣條件，抑制雜菌和病蟲危害，促使食用菌正常發育。