噴水增濕過量。菌袋開口增氧蓋紙后，未及時噴水，袋內呼吸旺盛，水分蒸發快，穴口菌絲干枯，原基難以形成。有的栽培者一見原基形成，就仿照黑木耳疏基一樣進行噴槍直沖，把原基沖走。銀耳原基為一粒或一朵，噴水過量，影響出耳率和幼耳；加之關門噴水，通風不良，造成霉菌發作而爛耳；也有的因栽培架過高，噴水時高層噴不到水，底層又過濕，造成高低層出耳不齊，甚至高層缺水，子實體發育不良。
房棚結構不妥。老房栽培銀耳，多為單門，缺窗口，空氣不對流，因此靠門口的通風好，長耳優，靠里面的長耳較差。有的栽培房上方不設通氣窗，噴水增濕后水蒸氣上升，下滴流淌聚在栽培架頂層的耳袋上，造成頂層菌袋爛耳。
菌種質量差。菌種本身不純，帶有雜菌或病毒，尤其是放射菌，混在菌種內，接種后萌發力極強，壓倒銀耳菌絲，以致無法出耳；有的因香灰菌絲退化，接種后初期走勢正常，呈黑色，中途逐漸退成白色而消失，以致整批不出耳；也有因制種過程兩種菌絲配比失調，香灰菌絲過旺占優勢，而銀耳菌絲受到抑制，致使出耳緩慢或出耳率不高。
防蟲不及時。在菌袋開口撕布前，沒有噴灑農藥，開口后螨蟲鉆進穴口咬吃菌絲，無法出耳，也有的門窗沒安裝紗窗，尤其是春季原基分化成幼耳時，成群蟲嬰蚊從窗口飛入，且繁殖率極高，在穴口產卵形成幼蟲，鉆進穴內咀食菌絲，造成成批失敗。
