一、預濕不充分：稻草應浸泡充分，以利發酵。浸泡不充分的稻草翻堆時需大量補水，在二次翻堆之前不能補足水分的，以后很難補足，這樣會影響菌絲的生長。

二、翻堆不勻：翻堆時應按“生料放中間，熟料放兩邊，中間的放兩頭，兩頭的放中間”的原則。但很多人翻堆時不遵循上述原則，以致培養料發酵不勻，達不到翻堆的目的。

三、采土不合要求：有些種植戶覆土時采用未處理的菜園土，有的添加未充分腐熟的牛糞。而這樣的土壤帶有大量的病菌和蟲卵，容易引發多種病害，給蘑菇種植戶造成損失。

四、覆土時添加尿素：新的種植戶容易習慣性地把蘑菇種植和其他作物種植等同起來，覆土時添加尿素，造成氨味過重導致菌絲死亡。

五、噴施“關門水”：在蘑菇種植前期高溫時噴施″關門水″會造成高濕環境，引起冒菌絲、結菌被及小菇死亡等現象。后期噴施″關門水″，則容易使菌絲退化、早衰。

六、防病不及時：有些種植戶由于缺乏基本的辨別和防治病蟲害的知識，往往在病蟲害發生較重時才著手防治，以致錯過了最佳防治時期，減產嚴重。