各種蠅蛆對蘑菇的危害都很大，不但吃蘑菇菌絲，還傳播病害。菇蠅主要是通過培養料進入菇房的。據測試，溫度在16℃以上，只要有一點風，成蠅就能成群結隊地飛進菇房。出菇后往往發現各種顏色的菌蛆，聚集在菌蓋與菌柄的接觸處，或鉆入菌柄內部，嚴重影響蘑菇的質量和產量。其防治措施：
　　一、在堆料期間，料堆周圍應經常噴灑0．5％的敵敵畏溶液。
　　二、菇房周圍應定期噴灑敵敵畏藥劑，進行環境消毒。
　　三、堆料前糞肥先預堆，進房后采用發酵技術，都可起到防止蠅蛆發生的作用。
　　四、出菇后若發生菇蠅或菌蛆，可用1000PPm的除蟲菊酯噴灑，既無藥物殘留，又有較好的防治效果。