瓶裝發酵料一厘米高
在培養基的上方離瓶口4cm左右，裝入1－2cm的發酵料，再滅菌。因為發酵料本身是無菌的，接入菌種后，菌絲很快布滿整個瓶的上部，菌絲同時吃料。這種方法優點是雜菌不易浸染培養基，并且菌種的菌齡一致。污染率可降至3％以下。
麥粒發芽法
讓麥粒發芽后再裝瓶滅菌。麥粒的貯藏物質主要有淀粉、脂肪與蛋白質，當種子吸脹和細胞生理活性重新活化時，各種酶的活性增強，這些物質在萌發時被分解為簡單結構的麥芽糖、蔗糖、氨基酸等物質，易于被菌絲利用，菌絲生長速度快。具體做法是：一次性讓做菌種的麥粒發芽，芽的長度為麥粒長度的1-2倍，后充分曬干貯存，等到做菌種的前一天，浸泡麥粒12h，直接裝瓶滅菌。該方法的優點是省去煮麥粒的過程，節省了人力財力，并且發菌快、雜菌少，污染率僅在2%-3%。
使用液體菌種
液體菌種克服了固體菌種的缺點，液體菌種可直接作為栽培種進行栽培。使用液體菌種不僅雜菌侵染的機率低，污染率可降至2％左右，而且從長遠的眼光看，由于它的生產不用塑料袋，對環境沒有污染，降低了菌種的生產成本。原種瓶的下部接菌
從原種瓶的底部開始接種
我們知道原種瓶下部的菌種菌齡短，生命力旺盛，并且雜菌少，接菌后菌絲吃料快，污染率低，這樣污染率可降至3％左右。為了進一步降低栽培種的污染率，建議將正常原種瓶口上部的1/5的原種棄掉，防止肉眼看不到的雜菌污染栽培種。
高溫季節接菌的時間提前或延后
在7-8月份的氣溫較低的時間段接菌，如早晨或晚上。當然，如果在有空凋的室內接菌效果更佳，污染率可降至5％以下。
