蘑菇栽培中的雜菌主要有綠色木霉等，是制種及熟料生產個最為常見的雜茵之一。該類霉菌性喜高溫、潮濕環境，如木霉菌抱于可長期存活于土壤及有機材料或棚內墻體縫隙中，通過空氣、覆土材料、工具等傳播。
1、預防措施是：使用百病去無蹤徹底消殺菇棚；發菌及出菇期間每5天左右噴灑一次殺菌藥物，生產中可將百病去無蹤和蘑菇殺病靈交替使用。
2、已經發生污染的菇棚，打開全部通風口及進出口加強通風；同時噴灑百病去無蹤，然后再處理污染菌袋。
3、對斑點性污染：采取100倍消霉王溶液注射殺滅措施，如雜菌孢子系從基料內萌發則提高濃度至50倍左右，并深插針頭，使藥液自內向外滲出，殺滅效果可達100百分之。注意，針頭插入點應在污染點的偏上方，斜向插入并注射后，使污染點處近地面。
4、對斑決性污染：亦可采取注射藥物的方法，但應加大藥量，方法同上。
5、對連片性污染：難以注射藥物時，可將污染處塑膜切開十字口，掀開塑膜，涂刷藥液，這只適應基料表面萌發的雜菌，并須早發現。否則，可直接撒施藥粉，然后將塑膜歸位，其殺滅效果良好。
6、菌袋百分之50左右面積的污染：可視情況靈活處理，如食用菌苗絲已發至大半以上，即基料已經被菌絲相連，可祛除塑袋，對配150倍消霉王溶液予以浸洗菌柱，然后覆蓋塑膜予以發菌培養；如污染發生偏重、食用菌菌絲數量較少，可將菌袋縱向切開3至5條口，松動塑膜后浸洗，時間稍長一些，然后靜置發菌。
7、若是大面積發生污染、污染時間超過15天、污染菌袋占到百分之70左右時，則該批菌袋幾乎無保留價值，將菌袋全部清理出棚后，有兩個處理辦法：一是搭設遮陽棚，進行正常的消殺處理后，將未污染或污染較輕的菌袋按上述進行藥物處理，置于遮陽棚下發菌培養，將失去培養價值的直接漚肥；二是將污染袋進行倒料，趁晴好天氣，按干料重的百分之2加入石灰粉，拌勻后予以曬干，作為熟料栽培或發酵料栽培原料。
8、清棚后，徹底清理衛生，間隔2天連續噴灑2遍百病去無蹤，并揭掉草苫等覆蓋物，關閉所有通風孔及進出口，予以悶棚處理，經3天左右高溫悶棚，即可達到較理想的雜菌殺滅效果；然后即可重新進袋培養。
