1．褐腐病 又稱水泡病、濕泡病等。主要危害蘑菇、草菇、平菇等。該病是由一種名叫疣孢霉的病菌引起的。主要病癥為：疣孢霉的分生孢子和厚恒孢只感染子實體，不感染菌絲體。子實體受到輕度感染時，菌柄腫大成泡狀畸形，故叫濕泡病。但在子實體發育階段不同，病癥也不同。子實體未分時被感染，則成一種如硬皮馬勃狀的不規則組織塊，上面覆蓋一層白色絨毛狀的菌絲，并逐漸變成暗褐色，常從患病組織中滲出暗黑色汁滴。菌蓋和菌柄分化后感染，菌柄變成褐色，感染在菌褶上則有一種白色的菌絲生長物。
　 傳播途徑：疣孢霉是一種普通的土壤真菌，菇房周圍的土壤和廢棄物是它的病源。因此，疣孢霉病菌主要是通過覆土、空氣、操作人員、工具及昆蟲、老鼠等攜帶傳染給菌床及菌塊的。
　 防治措施：如果覆土被疣孢污染，可采用巴斯德滅菌法(60℃)處理一小時，也可用4％的甲醛消毒覆土。還可在覆土中噴1：500的多菌靈藥液或托布津藥液滅菌。開始發病時，應該立即停止噴水，加大菇房通風量，往培養架上、墻壁上、地面上噴灑1％—2％甲醛溶液或1：500多菌靈藥液滅菌。發病嚴重時，需要除掉原有的覆土，更換新土。并且銷毀病菇，把所有的工具在濃度為4％的甲醛溶液中消毒。
　 2．枯萎病 又稱死枯病，是一種生理性病害。主要危害蘑菇、平菇、鳳尾菇、靈菇、滑子蘑等。主要病癥為：菇蕾形成后，大小不等的子實體都可以發生此病。發病后停止生長，變黃、逐漸萎縮、變軟、變干，最后枯死或腐爛。
　 病因：發生此病是生理上受阻的結果。主要原因是原基形成后培養料過干，而使菇蕾枯萎；或者是出菇過密，營養供應不上，使部分小菇死亡；或者是菇房溫度過高，濕度過大，通風情況又不好，缺少氧氣，使空氣中的二氧化碳含量過多所造成的；還有采菇時不慎碰傷了菇蕾、或者是出菇過量，產生藥害而造成的。
　 防治措施：子實體出現枯萎時，首先要弄清發病原因，采取相應措施。切忌在出菇后的菇房內噴藥，否則容易產生藥害。特別是平菇和風尾菇，在出菇期間絕對不可以噴灑敵敵畏。
　 3．畸形菇病 也是生理性病害。食用菌在形成子實體期間，倘若遇到不良環境和條件，使子實體不能正常發育，便會產生各種各樣的畸形。主要病癥為：菌蓋小而薄、柄細長、早開傘。這種現象平菇和鳳毛菇多發生頭茬菇之后，而香菇則發生在頭茬。其主要病因是高溫、光線不足、營養缺乏等。
　 長柄菇主要發生在側耳屬的子實體形成期間，子實體呈珊瑚狀或菌蓋極小，而菌柄根部粗大。其主要原因是光線不足、通氣不佳、二氧化碳含量過高、氧氣成分太少。
　 子實體倒斜現象的發生，一般都是朝有光的一面傾斜，其原因是子實體在生長過程中的趨光性，主要是菇房中的光線不均勻造成的。在不同的生長過程中經常出現的菌絲萎縮，有時甚至死亡的現象，主要是菌種不健壯，接到新的培養料上不吃料；或者培養料含水量不適宜，過干或過濕；再有料內溫度過高，造成燒菌，或者培養料內通氣情況不好，還可能是培養料中的酸堿度不適宜。
　 其防治措施只有一個，就是在生產過程當中，每一道程序、每一個工藝都必須科學地嚴格按要求進行，以避免造成這樣或那樣的不良后果，致使生產失敗。
　 4．猝倒病 又稱枯萎病，屬于真菌性病害；主要是由鐮包霉和萊豆鐮霉所引起。主要病癥是子實體被侵染后，菌柄髓部萎縮變成褐色，菇體變得矮小不再生長。此病發生早期和健康菇在外形上不易察覺，只是菌蓋變暗，菇體不再生長，最后變成僵菇。
　 傳染途徑：因為鐮包霉可在土壤中長期存活，所以通過土壤傳染是主要傳染途徑，另外通過空氣和一些使用器具也可以傳染。
　 防治方法：對覆土進行滅菌是防治此病的主要方法。一般用1：500的多菌靈或托布津藥液噴灑，進行消毒。