軟腐病和根腐病是食用菌生產中比較多見的一種真菌病害，軟腐病也叫綿腐病、腐爛病，葡枝霉病，蛛網病、濕腐病等；而根腐病又叫基腐病、灰霉病等。
   　 軟腐病病原菌為樹枝狀輪指孢霉菌，屬于半知菌亞門、叢梗孢目、葡枝霉屬；而根腐病病原菌為瓶梗青霉菌，屬于半知菌亞門、叢梗孢科。
   　 基腐病病害主要發生在菌柄基部，在子實體生長階段，菌柄基部變黑褐色至黑色腐爛，基部腐爛后子實體倒伏。幼菇叢發病雖不倒伏，但不能繼續生長發育，最后死亡。
  　  軟腐病在染病初期，先在出菇面上形成白色菌皮，似金針菇氣生菌絲狀，后漸漸侵染子實體基部，使之呈水漬狀褐色斑點或斑塊，病菌逐漸上移，使菌蓋表面形成不規則褐色病斑，最后感染菇體，使之基部變軟，發生群體性倒伏并腐爛，病菇上隨即有白色絮狀菌絲物覆蓋或包圍。
  　  二者發病癥狀相仿，僅病原菌不同，該病可侵染蘑菇、平菇金針菇，銀耳等。
  　  發生條件：其病原菌都屬土壤習居真菌，由空氣、覆土、水滴、人體、昆蟲傳布。10`C左右即可發生危害，尤其在初春季節，氣溫逐漸升高，相對通氣不良時，發生速度隨之加重。它多發生在棉籽殼生料栽培的菇床上和第二潮后的菇體上，以及生長階段培養料含水量過高，床面長時間有積水，加之長時間覆蓋塑料薄膜，通風不良，濕度過大，均利于該病的發生。
  　  防治措施：
　　1、控制菇棚空氣濕度在85%以下，不利病害的發生。
   　 2、菇房在使用前，應噴灑1：1000倍的疣霉凈藥液或1：50倍的金星消毒液，徹底殺滅菇房內病原菌。
   　 3、子實體生長階段控制用水量，經常清除床面積水。
   　 4、發菌及出菇期間，間隔5-7天對地面、墻體及通風口、進出口等噴灑1：800倍的疣霉凈或1：50倍的金星消毒液
  　  5、發病后，要及時清除病菇，然后噴灑1：500倍疣霉凈，可有效控制其病菌擴展。