香菇生產與水分、營養、溫度、空氣、光線、ｐＨ等因子有關，“爛棒”的發生與栽培管理直接相關。香菇雖是需光性真菌，但在菌絲營養生長階段完全不需要光線，強烈的直射光對香菇菌絲有抑制作用和致死作用，因此，發菌階段要做好遮光工作。
香菇是好氣性真菌，在缺氧的情況下菌絲借酵解作用暫時維持生命，但消耗大量的營養，菌絲易衰老，死亡快，因此應及時做好刺孔增氧工作。
夏天高溫，香菇菌絲會遭受高溫影響，發菌場所選擇好壞，措施是否得當直接關系栽培成功與否。散堆及時，降溫措施到位的，菌棒爛棒較少，而管理不當的，往往造成大量菌棒爛棒。
在菌筒發生生理性病害時應當及時采取措施加以防治。當菇筒出黃水階段應用消毒后的竹尖將菌筒刺破讓黃水排出，并用沾有消毒藥水的棉布將黃水吸去；若發現菇筒局部出現污染與爛筒，應及時括去爛筒部位的培養料，采用注射法注入香菇爛筒防治劑或200倍多菌靈與甲基托布津并蓋上一層石灰粉，另放置在干燥陰涼通風的其他培養室觀察培養，防止交叉感染；
防治香菇菇筒的“爛筒病”是一個綜合防治的過程。從接種到培養菇筒，到下田排筒都要做好消毒防治工作。不能有任何的疏忽大意，每一個生產環節都要十分注意做好病蟲害防治工作，避免發生生理性病害：一旦發現病蟲害入侵，就要及時做好殺蟲與滅菌工作，將爛筒的損失降低到最低程度。
