預防雜菌發生是食用菌生產的重要環節，具體應做好以下幾方面工作：
選擇優良菌種
生產中要選擇純度高、菌齡適當、生命力旺盛、無雜菌污染的菌種。除此之外，在食用菌栽培過程中，還要定期進行提純復壯，以保持菌種原有的優良性狀。
配制適宜的培養料
由于大多數食用菌喜歡偏酸性環境，所以將培養料的PH值適當調低，可抑制雜菌繁殖。在麥麩、米糠等含有淀粉和可溶性糖的培養基之中，雜菌很容易生存。但在木屑培養料中，雜菌則會因少缺少可利用的酶系而受到抑制，無法生存。
改進接種方法
用生料栽培食用菌時，增加5%-10%的接種量，并將菌種的2/3接種于覆蓋料面和四周，有利于菌絲盡快占領培養基表層，提高抗雜菌能力。段木接種時，適當縮小穴距，并在段木兩端斷面各接種一穴，既可避免雜菌侵入，又能加速菌絲在段木中的生長。
創造適宜的環境
食用菌栽培過程中，可根據大多數菌種（除草菇）都要求較低溫度，而雜菌多數喜高溫的特性，采用適當的降溫培養方法。從濕度來看，食用菌絲生長階段要求較低的空氣濕度，雜菌則要求高濕環境，故菌絲生長期間應控制空氣濕度在60%以下。
