適時采收。人工栽培的黑木耳，一年種、三年收，當年初收，次年盛收，第三年罷收。每年接種一批段木，便可延續生產。
（一）采收的成熟度。耳色轉淺，由黑變褐，耳片邊緣舒展軟垂下來，肉質肥厚，耳根緊縮，腹面已產生白色孢子粉，此時應立刻采收。
（二）采收季節。分春、伏、秋三個階段：從清明到小暑前采收的叫春耳，這段時間的木耳，朵大肉厚，色澤灰黑，吸水膨脹率好，品質佳。從小暑到立秋前采收的叫伏耳，此時因為氣溫高，病蟲害也多，容易造成爛耳，品質差，但產量最高。立秋后采收的叫秋耳，朵形略小，肉質中等，品質好于伏耳次于春耳。（采春耳和秋耳，要采大留小，采收伏耳要大小一齊采）。
（三）采收時間。無論春耳、伏耳、秋耳，都要在雨過天晴，耳片稍干后采收。如氣象干旱，采收的頭天黃昏，要均勻地噴水，次日晨露水干后采收，這樣的木耳不易破碎。如遇綿延陰雨氣象，也必須采收，免得造成流耳。
（四）采收的方法。通常用小竹刀或小刀沿著子實體的邊緣插順耳根，割下耳片，并挖出耳根。總的懇求是：勤采、細采，成熟一朵，采收一朵，免得造成流耳而受喪失。
及時制干。采收后的鮮木耳含水分多，如不及時制干，易造成糜爛變質。制干的方法有兩種：一種是氣象晴朗，光照充分，將采收的木耳薄薄擺攤在曬席里，烈日曝曬1—2天，達到制干程度。另一種是采收時下雨，可及時烘干。可利用烤棚或自建簡易烤室，將鮮木耳擺在折子上，分層放好，燒炭水加溫，溫度不超過40℃為宜，若溫渡過高，易烤焦烤熟或自溶糜爛。烘烤時烤篩上下移動，使其受熱一致，單調均勻。烘烤時勿多翻動，切忌煙熏，免得影響品格。
仔細貯藏。制干的黑木耳，應剔除碎片、雜物等，能夠按大、中、小和好、中、差分裝，或混裝，采取無毒塑料袋裝好，扎緊袋口，密封放置在木箱或木桶內，貯藏在單調通風室內。
