金針菇黑頭病病害發病的內因是品種的不抗病性，外因是高溫、高濕或噴灑不干凈的水把細菌帶到子實體上，如菌蓋表面長時間有水滴或濕度過大極有利于該病害的發生，通風不暢能加劇病害的發展，中溫條件適合發病。
1、保持菇場清潔衛生，及時清除病菇和廢料；菇房、床架、用具等用前要用消毒液或護樹大將軍徹底消毒，尤其是原發病害較重的菇棚。
3、金針菇出菇期控制出菇室溫度在15°以下，避開高溫、高濕季節出菇，高溫時加強通風散熱，平菇出菇期溫度不要超過18°，如果氣溫突然升高，要采取降溫措施，如開窗、揭膜、遮陰等，但要注意菇房內溫度波動不能過大，防止水汽凝結，產生水膜。
4、發現病菇要及時擇除，并立即加大通風量，暫停或減少噴水，迅速降低溫度，并用藥控制病害程度，如可向料面噴灑新高脂膜配合針對性殺菌劑，間隔3-4天再次用藥，連續用3次以上，能有效控制病害蔓延。發病嚴重時，應先清除病菇，清理料面或覆土后再按上述方法噴藥。
