食用菌胞子發芽和菌絲體生長的適宜溫度是20～30℃，但不同種有機食用菌在促成子實體分化的溫度上，差異較大，大體可分為下列三種類型：（1）低溫型：子實體分化最高溫度在24℃以下，最適溫度在20℃以下。（2）中溫型：子實體分化最高溫度在28℃以下，最適溫度為20～24℃。（3）高溫型：子實體分化最溫度在30℃以上，最適溫度在24℃以上。
有機食用菌生長發育所需要的水分絕大部分都來自培養料，一般培養料含水量控制在65%左右為宜。子實體生長發育過程中，由于蒸發或采收而使培養料的水分減少。因此，平時必須經常噴水，使菇房中保持一定的空氣相對濕度，防止培養料水分的過度蒸發。空氣相對濕度可由普通干濕計測定。
有機食用菌在子實體發育階段要求有較高空氣相對濕度，適度的相對濕度是80％～95％，如濕度過低，則會影響子實體的分化和發育，嚴重者，則子實體不分化，即使已分化的幼菇也會姑死。但菇房濕度也不宜超過96％。否則，不但菇體發育不良，還會滋生病菌。
一般適宜菌絲生長的pH值在3～8之間，最適pH值為5.0～5.5。
氧與二氧化碳也是影響食用菌絲生長發育的重要因素，二氧化碳過多，對食用菌生長發育不利，生產上為防止二氧化碳積存過多，菇房內經常需要通風換氣，這是食用菌栽培中確保子實體正常發育的一項關鍵性措施。通風換氣能補充菇房內的新鮮空氣，排除過多的二氧化碳和其它代謝廢氣，此外，適當通風不定期能調節空氣中的相對濕度，減少病菌的滋生。
