另外，菌渣還可用作燃料。將出菇后的食用菌廢棄物曬干保藏，用于菌種培養基和培養料的滅菌燃料，已在生產中廣泛應用。利用菌渣還可發展沼氣，河南西峽縣是食用菌生產大縣，目前已發展沼氣5000戶，每年有5000噸菌渣投入沼料使用。
在環境治理方面，食用菌也可作為生態環境修復材料。例如，菇渣中含有大量的漆酶、多酚氧化酶以及過氧化物酶等多種降解酶類，這類酶不僅可以降解木質素，還能有效地降解萘、菲、吡等多環芳烴類的化合物。
高效轉化模式
菌業循環是以食用菌產業為紐帶，鏈接種植和養殖業，實現農業廢棄物資源高效循環利用。它賦予了食用菌產業在大農業生態體系中“還原者”的重要地位，成為原料和能量循環的“樞紐”。
“作物—食用菌”多級循環模式，是將大田作物秸稈、谷物糠麩、棉籽殼和甘蔗渣等作為培養食用菌的原料，菌渣和菌床廢棄物則作為大田作物的肥料，并根據食用菌與作物生態互補互促關系采用大田套種或輪作的種植方法。
“作物—食用菌—畜禽”循環模式是將大田作物秸稈、谷物糠麩等用作培養食用菌的原料，栽培食用菌的下床料可作為農作物優質有機肥，也可作為禽畜飼料發展養殖業。禽畜糞便既可作為作物有機肥料，也可與農作物的秸稈一道作為食用菌的原料，進一步提高農業資源的利用率。
“農作物—食用菌—蚯蚓—作物”循環模式，是用食用菌下腳料養殖蚯蚓，這比常規用馬糞發酵養殖蚯蚓效果好，蚯蚓繁殖速度快。蚯蚓不僅具有較高的藥用價值，而且是輕化工農業不可缺少的原料，因此，該模式還可“變廢為寶，化害為利”。
“工農業副產品—昆蟲養殖—食用菌—農作物”循環模式即利用工農業副產品如鋸末、酒渣、蔗渣、豆腐渣加適量米糠、麥麩培養昆蟲如蠅咀，蠅咀的蛋白質含量高，可作為動物優質添加飼料，也可以提取幾丁質、抗生素、凝聚素等物質。
“農作物—食用菌—沼氣—有機肥料”循環模式是將大田作物秸稈、谷物糠麩等用作培養食用菌的原料，栽培食用菌的下腳料放入沼氣池發酵產生沼氣，而沼氣的廢渣又是優質有機肥;同時沼氣渣經處理后，也可作為蘑菇生產的原料進入再次循環，沼氣廢液還田是優質有機肥。
