目前，我國食用菌產業有了新發展，但也應看到我國食用菌產業也存在一些問題。一，我國栽培的食用菌育成的品種少并且不配套；二，菌種生產銷售管理混亂，胡亂引種、制種，隨意銷售現象普遍存在，菌種市場魚龍混雜，良莠不齊，同種異名，異名同種，劣質退化菌種充斥市場，坑害菇農事件時有發生；三，生產管理粗放，栽培技術落后；四，食用菌研究力量薄弱，缺乏研究食用菌的高級人才，尤其是那些真正能夠理論聯系實際的人才；五，食用菌生產缺乏專業化、標準化和產業化生產，生產效率、規模、產品質量受到影響；六，食用菌保鮮加工的能力薄弱，缺乏更深層次的開發利用；七，食用菌產品的商品流通渠道不暢、信息不靈，對國內外市場信息研究不夠。
目前我國食用菌產業發展趨勢有：加強市場信息調研，防止盲目生產、一哄而起，挫傷菇農生產積極性；由單一的栽培方式向多種栽培方式發展，并逐步趨向于工廠化、專業化生產，進行集約化、產業化栽培；增加科技投入，借鑒歐、美、日先進經驗和技術，提高科研水平和生產管理水平，特別是在遺傳育種上下大工夫；加強機械研究、推廣和應用；開發新原料資源（原輔料）；加強食用菌資源普查，建立食用菌基因庫，保護生物資源多樣性，為引種、馴化、育種和栽培提供寶貴的種質資源，不斷加強開發利用野生食用菌資源等。
