目前為止，玉米稈、高粱稈、麥稈等都通過不同的發酵途徑被制作成了飼料，棉花稈由于纖維含量較高，發酵難度大，作為飼料適口性差等原因，很少被利用。但經過金寶貝基質營養土發酵劑發酵后的棉稈卻是食用菌材料、尤其是雙孢菇的優質培養基質，經濟和生態效益極高。
　　棉花稈的發酵對菌種活性要求較高，一般的發酵劑沒辦法對其進行處理。金寶貝基質營養土發酵劑所含的功能菌，取自深山密林，是經層層篩選、提純、復壯等工藝制作而成的復合菌群，不僅可對棉花稈進行有效發酵，各種牲畜糞便、秸稈、生活垃圾等也不在話下。
　　用金寶貝基質發酵劑發酵棉花稈，要預先對棉花稈進行處理。將棉花稈盡量粉碎或切成至少2厘米以下，并搓揉成絲狀，以便發酵。然后用2.5公斤尿素兌150~200公斤尿素水或250公斤牲畜糞尿均勻灑在棉花稈中，堆成小堆，直到尿素水浸透后，加蓋透氣性覆蓋物，自然放置24小時。
　　棉花桿的發酵還要注意條件的掌控。將1公斤金寶貝基質發酵劑用5公斤米糠稀釋，均勻撒在堆好的棉花稈推中，并翻倒均勻。調節水份60～70%（判斷方法：緊抓一把物料，松開后手上見水印，但不滴水，落地即散為宜），發酵堆頂部加蓋透氣性覆蓋物，做到遮光、透氣、避雨。經5～10天發酵后，溫度達到55～60度以上時，翻動一次，中間要適當補水。如此2～3次便可完成發酵。
　　雙孢菇具有品質優良，口感好，投資少，效益高等特點。經金寶貝基質營養土發酵劑發酵后棉稈制作的培養基質，內含雙孢菇培育的各種營養物質，極易被其吸收利用，是培育雙孢菇的上好基質。并且，棉花稈也得到了充分的利用，實現了廢棄物的循環再利用，符合十八大報告再次論及的“生太文明建設”，體現了尊重自然、順應自然、保護自然的理念。