有機食用菌菌種有效儲藏可保持其優良種性，延長優良品種使用的年限，因此，它與新品種的選育具有同等的重要性，是食用菌生產中的一項必不可少的重要環節。但正規、嚴格的儲藏方法需要一些設備，對操作技術也有很高要求，而對廣大的菇農來說，一些簡單的土辦法更可行，更有推廣價值。其有效儲藏方法有：
井底低溫儲藏
將要儲藏的試管母種用無菌橡皮塞蘸石蠟封口，裝入密閉的廣口瓶或塑料袋中扎緊，沉入井底儲藏，可儲藏2～5個月。
石蠟封口儲藏
把蠟紙裁成6～8厘米見方，放入75%酒精中浸泡l分鐘。將已培養好的試管種的管口在酒精燈火焰上方旋轉滅菌后，用鑷子取出蠟紙，扎緊管口。再將包好蠟紙的管口浸入熔化的石蠟中，將蠟紙完全浸入，使蠟紙緊緊包封在管壁上，絕對不漏氣。待石蠟冷卻凝固后，置冰箱或室溫下保存。
玻璃紙封口儲藏
用明膠15克(黏合劑)，硫酸銅2克，美藍指示劑1～2滴，溶于100毫升熱水中，配制成封口劑。將長滿的母種拔去棉塞，管口朝下，蘸上封口劑，貼上用95%酒精浸泡過的玻璃紙，用石蠟熔封。在室溫下，菌種至少可保存8個月，并能防止霉菌或螨蟲的浸染。在斜面注入無菌礦油(液體石蠟)，可大大延長儲藏時間。
廄肥儲藏
此法適合儲藏有機食用菌雙孢菇等草腐菌類。將腐熟牛糞等堆肥曬干、打碎，取300克干堆肥，用5毫米孔徑篩過篩，加1000毫升水調濕，裝入試管，占管深1/3～1/2，在0.15兆帕壓力下滅菌2小時。確認無菌后接種，菌絲長滿后，放在3℃冰箱內儲藏，每隔2年移植一次。在長期儲藏中，如培養基失水，應將儲藏菌種及時接種在瓊脂斜面上進行活化，再繼續保存。此法連續儲藏4年后，其生產性狀未出現明顯變化。
