循環利用資源是食用菌產業的最大特點。食用菌可將農作物秸稈、桑果枝條等農林副產品分解并轉化為健康食品——菌物蛋白，是發展農業循環經濟、區域循環的重要載體。食用菌循環生產技術主要包括兩個方面，一是產業間循環的載體作用，將麥稻、畜牧、水果、蠶桑等產業發展過程中產生的稻草、牛糞、桑果枝條等種養業副產品資源轉化為食用菌產品；二是從菌糠或菌渣的進一步多層次綜合利用角度，經適當處理可再用于生產食用菌，也可將蘑菇泥（栽培蘑菇后的廢料）、菌糠等作有機肥還田，發展蘆筍、鐵皮石斛等高效經濟作物，達到減少農業面源污染，增加農業生產效益。 　　
　　食物鏈能量傳遞模式。
　　①奶牛－蘑菇－牧草種養模式。牛糞栽培蘑菇，蘑菇廢料種植牧草，牧草飼養奶牛的循環生態種養模式。
　　②稻草－蘑菇－蘆筍模式。水稻種植后產生稻草，再以稻草為原料生產蘑菇，栽培蘑菇后的廢料（蘑菇泥）作有機肥種植蘆筍。
　　③蠶桑－黑木耳（或香菇或秀珍菇）模式。養蠶后修剪下的桑枝，粉碎后用于栽培黑木耳、秀珍菇等食用菌，菌糠再還田。
　　④果枝（或葡萄枝）－黑木耳（或秀珍菇、香菇）模式。
　　⑤棉籽殼—金針菇。　　

 時空循環農作制度創新模式。
　　①菇稻輪作模式。水稻－香菇/黑木耳/蘑菇。菇稻輪作是一種生態高效的新型栽培模式，主要有香菇、黑木耳、蘑菇與水稻輪作3種模式。食用菌與水稻輪作新模式，既穩定了糧食生產，又提高了種植效益，已經成為食用菌主產區的高效生產模式。
　　②菌菜間套模式。如芋艿/大豆＋竹蓀模式。
　　③金針菇——秀珍菇輪作模式。
　　④高溫蘑菇/雙孢蘑菇模式。　　

資源多級利用模式。
　　菌糠是栽培食用菌后的培養料，含有豐富的蛋白質、氨基酸及微量元素，在農業生產上具有較高的利用價值。菌糠被廣泛用于二次栽培食用菌、用作農作物肥料、加工成家畜（豬、牛）家禽飼料、生產沼氣、飼養昆蟲（蠐螬）及作燃料等，做到清潔生產、“零排放”。
　　①金針菇——金福菇。工廠化金針菇栽培后菌糠二次栽培秀珍菇或金福菇或大球蓋菇模式。
　　②杏鮑菇——香菇。利用栽培杏鮑菇后菌糠二次栽培香菇模式。
　　③香菇——香菇。栽培香菇后菌糠加新料二次栽培香菇模式。
　　④金針菇——牛飼料。
　　⑤廢菌料為培養基質，栽培鐵皮石斛。