利用害蟲的習性進行防治：(1)對菌蚊進行人工捕捉。(2)將發生癭蚊的菌袋放在陽光下曝曬1小時-2小時或撒上石灰粉。 水浸法防治：瓶栽和袋栽的可將水注入瓶、袋內，塊栽的可將栽培塊浸入水中壓上重物，浸泡2小時- 3小時。浸泡后的瓶、袋瀝干水后放回原處。
誘殺：(1)對蚊蛾用黑光燈或節能燈誘殺。方法是在燈下的水盆中放入0．1％的敵敵畏，害蟲落入盆中即被殺死。(2)對粘蟲可在強燈光處放置涂抹了40％聚丙烯的粘蟲板。 曲霉的防治：(1)及時清除廢料。(2)瓶裝料時料不能與棉塞相接。裝瓶完畢后洗凈瓶口，除去雜物，保持棉塞清潔。(3)施用5毫克／千克的多菌靈，但必須是蘑菇采收完后施用。
綠霉的防治：(1)降低菇房的溫度和濕度，加大通風量，用草木灰覆壓有霉菌的地方，阻止霉菌孢子飛揚傳播。(2)取生石灰9份、多菌靈 1份、水適量拌勻，洗刷霉菌處。(3)生料栽培時，每100千克干料中添加克霉靈100克，可徹底防止霉菌滋生。(4)在霉菌處撒上高錳酸鉀顆粒后，再在其外圍噴水。(5)用5％的石灰水浸泡霉菌，待霉菌消失后排掉石灰水，補上新料。(6)在霉菌處涂95％的酒精或煤油，點火將其燒掉，然后挖除，填補新料。
對細菌的防冶：(1)食用菌培養基滅菌要徹底，滅菌時溫度、壓力、時間都要達到要求。(2)培養基做好后，在 30℃的培養箱內放置一天后再用，以確保無細菌感染。(3)培養基內可加入抗生素，一般以每毫升100- 200單位為宜。
