我們俗稱的羊肚菌實際上是一個屬的概念（類群的概念），就像我們稱呼所有的“狗”一樣，具體一點，有蝴蝶犬、哈士奇、藏獒、貴賓、吉娃娃等等。而羊肚菌對應的品種名有：粗柄羊肚菌、梯棱羊肚菌、六妹羊肚菌、楊柳半開羊肚菌、泛美羊肚菌等等，目前記錄在案有名字的羊肚菌有327種（http://www.indexfungorum.org 截止2016年5月），當然這里面記錄的羊肚菌種之間有重復命名現象。

　　為何羊肚菌會有這么多種呢？

　　對羊肚菌有過初步認識的人應該都知道，羊肚菌不單單在中國發生，她實際上是一個全球分布的品種，特別是在整個北溫帶范圍內，從高山到平原都有她的身影。正是因為羊肚菌生長在這樣廣闊的環境下，在不同區域內自然進化，相應的就形成了不同的品種。

　　同時，同一個品種在不同的環境下，水分、空氣濕度、光線強弱等等都會對羊肚菌的形態產生不同的影響，這就很容易導致誤認為她們是不同的品種。這就是早些年，還沒有基因分子鑒定技術之前　　很多記錄在案的名字實際很難辨別真偽的原因所在。

現代科學的發展也為羊肚菌究竟有多少品種給出了答案。根據近年來的多基因聯合一致性系統發育分析看，羊肚菌可以劃歸為三大類群，黃色、黑色和變紅類群，（這里需要說明的是變紅、黃色和黑色不是指品種的名稱，是指一個類群的總體特征，顏色只是一個重要的特征，但不代表一個標本的顏色發黑就稱之為黑色羊肚菌），三個大類下面總計68系統發育學種。下圖中的右下角的就是變紅羊肚菌，其發育歷史比黑色羊肚菌和黃色羊肚菌還早，中間和上面的分別是黑色和黃色兩種。前面所說的六妹羊肚菌其實就是依據其分子分類的系統發育學地位而定，她是黑色類群里面的第六個，所以叫六妹羊肚菌（Morchella sextelata），實際上還有一個與她非常想象的，可以說是她的雙胞胎妹妹的，七妹羊肚菌（Morchella septimelata），對的，就是排行老七。

　　窈窕白凈的六妹羊肚菌

　　變紅羊肚菌僅在北美和歐洲的地中海沿岸有所報道，中國目前沒有發現。根據Du et al.近年來的研究可知，我國存在30個系統發育學種，其中黑色羊肚菌類群13個，黃色羊肚菌類群17個，云南、四川是羊肚菌資源最為豐富的地區。進過山、采過樣的朋友們應該能感受到，實際情況可能不止這么30種！

　　根據近年來的研究可知，羊肚菌科的形成發生在距今246.63百萬年前的三疊紀中期，在侏羅紀（Jurassic）晚期，在北美的西部地區，分化出羊肚菌屬的基礎類群，也就是變紅羊肚菌，隨著時間的推移，到了白堊紀（Cretaceous）的早期（距今129.61百萬年前），這時候我們現在常見的黃色羊肚菌和黑色羊肚菌開始分化形成；之后，從北美西部，羊肚菌開始隨著逐漸向北美東部擴散遷移；再之后，一些種開始通過圖林北大西洋陸橋遷移到歐洲，大部分的羊肚菌種則通過白令大陸橋遷移傳播到亞洲地區，繁衍生息，形成了當今形形色色的羊肚菌。