食用菌是一門應用技術，更是一門綜合學科。食用菌生產是將食用菌生物學、生物轉化(基質制備)技術和環境工程緊密結合而實施的學科。
　　食物菌生物學不僅僅指食用菌的栽培，而且涉及食用菌科學研究的方方面面，如分類、發育、營養、生理、遺傳、藥理、毒性、毒理、可食性等。
　　生物轉化技術，是要制備適于各種食用菌生長發育，并獲得高產優質的基質，將特定培養基質用于栽培的特定種類或品種，從而獲得最佳生產效果。
　　環境工程是以對食用菌生長發育所需環境條件的分析為基礎，設計食用菌生產的環境、設施、生產環節及其控制方法。如溫度、濕度、光照和通風的調節控制。